Zgodnie z zarządzeniem nr 23/2018/DAiS z późn. zm. wypłata środków przyznanych na realizację funkcjonalności, o których mowa w ust. 1 pkt 3 i 4, dokonywana jest po wykonaniu dostosowania, potwierdzonego pozytywnym wynikiem audytu ex-post oraz przekazaniu do Oddziału Funduszu, nie później niż 14 dni po upływie terminu, o którym mowa w ust. 4 pkt 2, kopii potwierdzonych za zgodność z oryginałem: rachunków, faktur lub innych dowodów księgowych potwierdzających poniesienie wydatków np. przelew. Umowa z wykonawcą usługi polegającej na dostosowaniu systemów informatycznych realizatora nie jest elementem podlegającym weryfikacji przez NFZ, ale zawarcie stosownej umowy może być weryfikowane przez operatora projektu tj. Ministerstwo Zdrowia. Usługa dostosowania systemu informatycznego do potrzeb programu pilotażowego podlega zasadzie konkurencyjności, ale przy kwocie grantu 50 tyś. zł wystarczy przeprowadzić postępowanie w trybie zapytania o cenę (zgodnie z ustawą o zamówieniach publicznych). Ze względu na to, że NFZ nie jest stroną umów zawartych pomiędzy dostawcami usług informatycznych, a świadczeniodawcami nie będzie uczestniczył w opracowaniu wzorów umów.